这一阶段是从1989年4月底、5月初召开的第三次全国环境保护会议开始的。这时，环境问题更加成为举世瞩目的重大问题，在环境保护工作的实践中，我国也积累了比较丰富的经验。为了进一步推动环境保护工作上新台阶，这次会议明确提出：“努力开拓有中国特色的环境保护道路”。中国环境管理的发展进入了改革创新阶段。1992年联合国环境与发展大会以后，实行可持续发展战略已成为世界各国的共识，在新的形势下，1996年7月在北京召开了第四次全国环境保护会议，这是我国环保事业发展史上一次重要的会议。会议提出了环境保护工作的两项重大举措，为创造环境管理跨世纪的新发展指明了方向。

（一）环境管理的3大转变

1992年6月召开的联合国环境与发展大会，对人类必须转变发展战略，走可持续发展的道路取得了共识，世界进入可持续发展时代。在新的形势下，我国的环境管理发生了突出的变化。

1．环境管理由末端环境管理过渡到全过程环境管理

环境科学运用系统论、控制论对“人类-环境”系的调控研究已取得不少成果；实行可持续发展战略也要求人类经济活动和社会行为的全过程符合生态要求。所以，环境管理绝不能停留在环境问题产生了再去解决的末端环境管理阶段，而是要尽快过渡到全过程环境管理阶段（即从尾部控制，到源头控制）。推行清洁生产、实行环境标志制度，都是促进这一过渡的有力措施。

2．由以浓度控制为基础的环境管理，过渡到以总量控制为基础的环境管理

1986年底，我国以蓝皮书的形式发布了“环境保护技术政策”，提出在城市中按功能区进行总量控制，这是必然的发展趋势。能否保持区域环境质量，主要取决于污染物排入区域的总量，而不是污染源的排放浓度。环境的污染和破坏也主要是由于开发建设的强度超过环境承载力，包括排污量超过环境的自净能力（最大纳污量），资源开发速率和规模超出了环境的承受能力。所以，环境管理向以总量控制为基础过渡，由定性管理走向定量环境管理，是环境保护事业发展的需要。

3．环境管理走向法制化、制度化、程序化

经过20多年的努力，适应国情的环境政策、法律、制度和标准体系初步建立，环境执法取得成效，环境保护开始走上依法管理的轨道。联合国环发大会后，国务院转发的“环境与发展十大对策”的第9条着重提出：“健全环境法制，强化环境管理”。“中国的实践表明，在经济发展水平较低、环境投入有限的情况下，健全管理机构，依法强化环境管理是控制环境污染和生态破坏的一项有效手段，也是具有中国特色的环境保护道路中一条成功的经验”。

因此，要健全和强化环境管理体系，提高工作效率和服务质量，坚持依法行政，加强执法监督和监察工作，提高执法效果。继续积极推行各项行之有效的环境管理制度，全面加强环境管理，把环境管理纳入法制化、制度化的轨道。

（二）环境管理跨世纪的新发展

中国《环境与发展十大对策》（1992）发布以后，1994年公开发布了《中国21世纪议程——中国21世纪人口、环境与发展白皮书》；1996年3月，八届全国人大第四次会议审议通过的《关于国民经济和社会发展“九五”计划和2010年远景目标纲要》，确定了跨世纪的环境保护目标，强调实施科教兴国战略和可持续发展战略，把“加强环境、生态保护，合理开发利用资源”提高到战略高度。

1996年7月中，李鹏同志在第四次全国环境保护会议开幕式的讲话中指出：环境保护工作任重而道远，我们要努力工作，确保实现跨世纪的环保目标”。讲话中强调，必须严格环境管理，目前存在的环境问题，不少是由于管理不善和管理不严造成的，加强环保工作必须从严格管理做起。并指出环境管理要突出重点，把工业污染防治作为环保工作的重点，是符合我国的实际情况的。江泽民同志在会议期间所作的重要讲话，从战略高度指出：“在社会主义现代化建设中，必须把贯彻实施可持续发展战略始终作为一件大事来抓”。“经济的发展，必须与人口、环境、资源统筹考虑，不仅要安排好当前的发展，还要为子孙后代着想，为未来的发展创造更好的条件，决不能浪费资源、走先污染后治理的路子，更不能吃祖宗饭、断子孙路。”

为了确保实现跨世纪的环保目标，第四次全国环境保护会议提出了《“九五”期间全国主要污染物排放总量控制计划》和《跨世纪绿色工程规划》两项重大举措。这是一次跨世纪的重要环保会议，为环境管理跨世纪的新发展指明了方向。

1997～1999年，连续3年中央就人口、资源和环境问题召开座谈会，江泽民总书记强调：环境保护工作必须党政一把手“亲自抓、负总责”，做到责任到位，投入到位，措施到位；要求建立和完善环境与发展综合决策制度、公众参与制度，以及统一监管和分工负责、环保投入等四项制度。使宏观环境管理通过决策、规划协调发展与环境的关系，与监督管理限制和禁止人们损害环境质量的活动紧密结合起来；使环境保护行政主管部门的监督管理与各有关部门的分工负责，以及公众的参与、监督紧密结合起来，进一步明确了环境保护是可持续发展的关键，为环境管理的发展开拓了一个更为广阔的天地。