著名的巴拿马运河斜贯巴拿马共和国中部，是沟通大西洋与太平洋的重要国际航道。运河分水岭海拔仅84米，北坡有流入加勒比海的恰格雷斯河，南坡有流入太平洋的格兰德河。巴拿马运河就是利用了这两条天然河流，凿通其间的分水岭而建成的。运河全长81.3公里，大致呈西北—东南走向。自大西洋的加勒比海穿过运河往太平洋的巴拿马湾，大体为东南向航行，出运河后才转向西方。因需切穿分水岭，所以它不是一条平面运河。除两端各一小段外，运河大部分河段的水面高出海平面26米。船只通过运河好象越过一座水桥，在靠近入口处经过三道水闸，升高26米，然后穿过加通湖与类似天然峡谷的库累布腊航道（长13公里），在靠近出口处再经三道水闸，下降到海面的高度。这种运河叫水闸式运河。运河宽度不等，在152～304米之间，水深13.5～26.5米，可通行5万吨级轮船。运河全线都有夜航设备，昼夜通行无阻。平均每艘轮船通过运河水域需要8小时，加上编队等候共需16小时。

巴拿马运河的通航，大大缩短了大西洋与太平洋之间的航程。以前往返于两洋之间的船只，必须绕道南美洲南端的麦哲伦海峡。运河通航后，自美国东海岸的纽约到西海岸的旧金山，航程缩短61％，到日本横滨航程缩短27％；自英国利物浦到智利北部的伊基克，缩短航程38％。据统计，1980年往南通过巴拿马运河的船只有7117艘、船货8474万吨；往北通过的船只有6 390艘，船货8 247万吨。在货运上，美国对这一运河的依赖性很大，其次是英国和日本。

巴拿马运河的修建是近代历史上的大事。1879年法国首先从哥伦比亚政府取得运河开凿权，次年动工，至1889年因工程困难而中止。1902年美国廉价收买了法国公司的财产，又于1903年策动巴拿马独立，并强迫签订美巴条约，取得了运河的开凿权；还将从运河中流线向两侧延伸宽度为10英里（约合16公里）的地带划为“运河区”供美国“永久占领和使用”。1904年运河再次动工，1914年完成。由于坍方等原因，直到1920年才正式开放使用。运河所在的地区丛林密布，气候温热，疫病流行，挖河工人在极其恶劣的条件下辛苦劳动，前后共有7万多人死亡。

美国不仅霸占巴拿马运河、控制国际航运，还在“运河区”驻扎大量军队，实行殖民统治。在经济上，美国通过这一运河，不断掠夺拉美以及远东各国的资源，倾销商品于各地，并把运河收入攫为己有。据统计，运河凿通后60多年间，美国共获利450多亿美元，而巴拿马只得11亿美元。

为了废除不平等的美巴条约，巴拿马人民进行了长期的坚持不懈的斗争，终于在1977年9月于华盛顿签订了新的“巴拿马运河条约”与“关于巴拿马运河的永久中立和经营的条约”。1979年10月新条约生效后，在运河区升起了巴拿马国旗，运河管理机构由美巴两国人员组成的委员会领导，原运河区的司法和移民机构、海关、邮局等交由巴拿马管辖和经营。新条约于1999年底满期，经过23年的“过渡时期”，巴拿马将全部承担运河的管理与防卫，届时美军将完全撤离。

由于超级油轮与大型航空母舰的使用，巴拿马运河已不适应国际航运的发展，开凿一条新的海平面式运河成为当务之急。为了筹划进行新运河的开凿，1984年日本、美国、巴拿马三国政府组成了第二条巴拿马运河调查委员会。新运河将建在现有运河西侧约16公里处。它起自拉加尔托港，经加通湖至凯米托港，长58公里；加上西北向加勒比海疏浚35公里，东南向巴拿马湾疏浚5公里，共长98公里，宽200～400米。水深30余米，可以畅通30～40万吨级的巨轮。此项工程规模浩大，时间约需10年。建成后其效率将比现有运河提高十多倍。