南通大学杏林学院前身为南通医学院杏林学院，始建于1999年2月，是江苏省首批按新机制、新模式设置的本科层次国有民办二级学院， 2004年5月在南通医学院、南通工学院和南通师范学院三家组建合并南通大学后，学院更名为南通大学杏林学院，于2005年5月经教育部批准转办为独立学院。
南通大学杏林学院是学院坐落于有“中国近代第一城”之美誉的、中国第一批沿海开放城市之一的江苏省南通市，以南通大学钟秀校区作为办学校园，占地面积500多亩。校园环境幽雅，人文氛围浓郁，教学、生活设施完善，是青年学子理想的求学成才之所。
杏林学院依托南通大学实力雄厚的师资队伍，共享母体优质的教育教学资源，现有在校学生8000余人，设有56个专业（方向）。杏林学院创办十年来，形成了科学、规范的办学机制：
先进的办学理念。坚持“以学生为本”的办学理念，确立培养具有必要的理论基础、较强的实践能力、明显的技能优势的“应用型”人才的目标，采取“因材施教，科学管理”的教学管理策略，重视学生综合素质的培养，尊重学生的个性，发挥学生的特长，挖掘学生的潜能，最大可能地为每一个杏林学子成才创造条件。
科学的培养方案。根据培养经济社会发展所需的应用型人才的目标，按照南通大学全日制本科人才培养规格、教学要求，制定适合我院学生的培养计划和课程体系，重点加强基础理论教学和实践技能训练，实行对学生的分类指导和分层培养方式。学生学业期满成绩合格，将颁发普通高等教育全日制本科毕业证书，符合学士学位授予条件的学生将按规定授予学士学位。
高效的管理机制。学院形成了学院、年级（专业）、班级三级学生管理机制，拥有一支精干的专职学生工作干部队伍，择优聘请责任心强、育人经验丰富的教师担任班主任。建立健全了一系列以人为本、科学有效的管理制度，同时形成了学生自我教育、自我管理、自我服务网络。
完善的助学体系。建立了由奖助学金、国家助学贷款、勤工助学、特困补助等构成的较为完善的助学保障体系。学院设有家长委员会、家长学校，实现家校共育。学院帮助学生配备人文、学业、创业指导老师，指导学生建立各种各样的学习合作小组、科技创新小组、兴趣爱好小组、创业工作室等，形成了具有特色的助生成才体系。
丰富的校园文化。重视学生综合素质的培养，发挥多学科、综合性强的优势，通过开展丰富多彩的校园文化活动，为学生搭建展现个人才华的平台，培养学生自我管理能力、职业生涯规划能力、科技实践能力、社会活动能力及自主创业能力。