公元12世纪末叶以前，淮河并不注入长江，而是在涟水东西单独入海，入海口门水深而宽阔。当时，洪泽湖还没有现在这样大，海潮一直可以上溯到盱眙，宽深的淮河足够排泄上游的来水。同时，河水含沙量不大，很少淤积，航运畅通，两岸的灌溉便利。宋代诗人秦观在登泗州城后曾写下这样的诗句：“渺渺孤城白水环，舳舻人语夕阳间。林梢一抹香如画，知是淮流转处山。”由此可见，当时的淮河流域是一块河湖交错、沃野千里、资源富饶的大地。

　　公元1194年，黄河南堤在河南原阳县决口，一部分河水经封丘、长垣、定陶向东南流，通过泗水入淮。从此，淮河遭到了厄运，变成了一条多灾多难的河流。

　　黄河侵淮初期，两河的下游合流入海，但到了明朝（公元16～17世纪），黄河水全部侵入淮河；它不仅借道泗水，而且还从颍河、涡河、濉河等同时入淮，拦腰一截，袭夺了淮河的中下游。黄河的洪水在淮河到处泛滥，黄河的泥沙淤塞了淮河的干流和许多支流，淮河的水系被打乱，淮河下游的河床越淤越高，也成为“地上河”。淮河的水已经无法进入自己的下游河道，使得泛滥现象更为严重，平地变成了泽国，小湖扩大成为大湖，洪泽湖就是其中的一个。有的支流下游河段被淤塞成长条形的湖泊，有的则变成为“肥河”。

　　直到1855年，黄河在铜瓦厢（今河南兰考县境内东坝头附近）决口，冲开了北堤，向东北方向流入原来的河道，这便是历史上黄河第六次大改道。从此，黄河入淮的流路被抛弃，干涸了的废河床高出平地2～4米，成为一条沙岗，这便是“废黄河”。淮河也因此而被迫改道从洪泽湖向南，成为长江的一条支流。然而，这条流路并不畅通，洪水一来，就在中下游的低洼处漫溢，水灾日渐增多。来自山东的泗水也只得与淮河分道扬镖了。

　　历代封建统治阶级对黄河的决口、泛滥熟视无睹，但黄河泛滥的泥沙淤积影响到大运河的交通运输，却是统治阶级所关心的。明、清两代反动统治阶级为了维持运河的畅通，采用了“蓄清刷黄”的办法。他们利用洪泽湖把含沙量较少的淮河水蓄积起来，以冲刷黄河侵淮的浑水。于是，加高加厚了洪泽湖东岸大堤，抬高洪泽湖水位，扩大洪泽湖的面积，使洪泽湖上游大片良田沃土、城镇村庄被湖水吞没。古代的泗州城即在公元1437年、1591年、1631年、1649年和1680年5次遭到水患，这座历史上闻名的古城，最后被淹没于湖底。“水漫泗州城”的故事只不过是淮河中游一带人民灾难日益深重的一个明显例子而已。

　　据不完全统计，1662～1722年的60年中，淮河流域平均每二年一次水灾。1746～1796年的50年及1844～1881年的37年中，平均每三年一次水灾，1916～1931年的15年中有4次水灾。新中国成立前，淮河流域2亿亩耕地中经常受灾的有1.3亿亩，淮河流域人民的生活处在水深火热之中。