高程和深度，有人认为都是指地面某点至平均海水面的垂直距离，是以同一平均海水面起算的不同称谓。认为高于平均海水面的为正值，叫海拔高又叫高程；低于平均海水面的为负值，叫海拔低又叫深度。实际上这种认识是不准确的。在海图和陆图上，高程、深度等概念的含义并不一样。
高程，泛指以平均海水面起算的高度。采用不同的平均海水面起算的高程，准确和实用程度是不会相同的。1956—1985年我国采用“1956年黄海高程系”。它是以青岛验潮站1950—1956年观测的潮汐资料计算出的平均海水面为高程起算面，由总参谋部测绘局与国家水利部门于1957年共同确定的，统一称作“1956年黄海高程系”。1985年以后，我国采用“1985年国家高程基准”。它是以青岛验潮站1952—1979年观测的潮汐资料计算出的平均海水面为高程起算面，是1985年全国一等水准网布测协调组扩大会议决定的。它较前者科学、精确、稳定、实用，前者平均海水面比后者稍高，但差值仅为0.0289，故1985年前出版的地形图可继续使用。
深度，一般指低于深度基准面（即理论最低潮位）的高度。我国采用“1956年理论深度基准面”。它是比最低低潮面还要低的埋论数值，位于平均海水面之下。
从上可知，高程与深度不是以同一起算面起算的，高程起算面是平均海水面，全国是统一的。而深度起算面各个海区是不同的，都是比平均海水面低的理论数值，与平均海水面间的高差随着海区的不同而不同。潮差大的海区，理论深度基准面与高程起算面的高程差也大；反之，则小。理论深度基准面与高程起算面的高程差，在国家海洋局和海军航保部每年出版的《潮汐表》和海图上都有记载。
由于陆图和海图服务的对象、任务不同，因此它们的高程和深度的具体含义也不完全相同。
陆图上，高程和深度一般可理解为以同一高程起算面，即以黄海平均海水面起算的高度，高于平均海水面的为高程（为正）或称海拔高，低于平均海水面的为深度（为负）或称海拔低。但对于深度来说，还有比高的意义，即某点低于地面的高度。至于某点的注记表示的是深度还是比高，要根据某点与周围地形和具体注记来判定。
海图上，凡是陆地、岛屿上所注记的高程，与陆图一样都以黄海平均海水面起算的。但海图上还有两种高程，一种是以平均大潮高潮面起算的，各海区平均大潮高潮面是不相同的。另一种是以理论深度基准面起算的。所有的灯塔、灯标、灯柱及立标等导航标志，其高程都是以平均大潮高潮面起算的。凡是高潮时被海水淹没，低潮又露出的干出滩、干出岩、干出礁等，其高程是以理论深度基准面起算的。海图上的深度都是以理论深度基准面起算的。