十一五期间，学校承担各级各类科研课题800余项。2012年获得国家自然科学基金课题24项、国家社会科学基金课题19项。另外获国家级教学成果奖3项，省级教学成果奖16项，省部级科技成果奖25项。

吉首大学的社会科学研究以区域经济、民族文化、民族历史为重点，其中民族历史文化、民族语言、沈从文研究、文化创意产业、旅游经济等研究成果已在国内外产生较大影响，多项成果被各级地方政府决策所采纳。自然科学研究以自然资源开发、利用与保护为重点，取得了一批经济和社会效益显著的成果。学校努力做好产学研工作，积极服务地方经济社会发展。提出了“三带理论”，研究开发了美味猕猴桃“米良一号”、杜仲、葛根、椪柑醋、矿产品与金属材料加工等一系列科研成果，孵化出一批本土企业，产生了较好的经济与社会效益。其中具有自主知识产权的美味猕猴桃“米良1号”被国务院扶贫办列为扶贫开发项目，在全国16个省（市）推广栽种，仅湘西自治州种植面积就达10万余亩。从猕猴桃中提取的“果王素”经国内专家鉴定“达到国内领先水平，填补国际空白”，猕猴桃研究成果的产业化帮助湘西近30万农民摆脱贫困。

学校重视对外交流，先后与美国、英国、韩国、乌克兰、日本及香港、台湾20余所高校开展了合作交流。学校部分师生多次出国访学、交换学习，少数民族艺术团曾应邀赴美国、香港等地演出，影响广泛。

学校先后获得“全国民族团结进步模范集体”、“全国精神文明建设先进单位”、“全国模范职工之家”、“全国绿化模范单位”、“全国高校后勤工作先进集体”、“湖南省文明单位”、“湖南省高校毕业生就业工作先进单位”等荣誉称号。

党和国家领导人朱镕基、曾庆红、尉健行、贾庆林、刘云山、曾培炎、陈至立、杨汝岱、罗豪才等以及教育部、湖南省委省政府领导多次来我校视察指导工作。原国务院总理朱镕基高度称赞“吉首大学是湖南的骄傲”，原国家副主席曾庆红肯定“吉首大学具有特殊价值”，2011年6月2日，全国政协主席贾庆林在视察学校时高兴地说“看到了吉首大学，就看到了武陵山区脱贫致富的希望”。

吉首大学《吉首大学中长期改革发展规划纲要（2011—2020）》，提出了“立足大湘西，辐射大边区，服务“富民强省”，将吉首大学建设成为有特色、高水平的教学研究型地方综合性大学”这一战略目标，学校将努力实现转型发展、科学发展和快速发展，建设教学研究型大学，积极在服务国家战略层面的“武陵山片区区域发展与扶贫攻坚”战略和湖南省委、省政府“富国强民”战略，以及新一轮大湘西开发工作中做出新贡献，继续保持在四省市边区高等教育的领先地位，为推动区域经济社会发展发挥更大作用。