安徽中医药大学大力推进科技强校战略，积极促进教学水平与人才培养质量的提高。近5年来，学校共承担各级各类项目1400余项，其中承担国家“973”计划、国家“863”计划、国家科技支撑计划、国家自然科学基金等国家级项目90项，科研经费2亿余元；取得研究成果300余项，获得省部级以上科技奖励27项（其中国家科技进步奖2项）。现有4个省级科技创新团队，24个省级以上重点实验室及工程（技术）研究中心。建立了安徽省中药材科技产业战略联盟。成功举办中医药科技创新与新安医学研究国际论坛、针灸经络50年回顾与展望国际学术研讨会等有较大影响的国际学术会议。学校被国家科学技术部授予“全国科技特派员工作先进集体”称号，被国家中医药管理局授予“中医药科技管理工作先进集体”称号。
学校与美国、澳大利亚等20多个国家和地区的41个医疗和教育机构建立了友好合作关系。1994年获准招收国外留学生，先后有20多个国家和地区的学员来校攻读硕士、学士学位以及临床研修。与美国、瑞典、新加坡、日本、韩国及港澳台地区的院校开展学者互访和学生交流活动。
学校不断加强产学研用合作，服务地方经济社会建设能力不断增强。建校以来，我校培养了近3万名高素质的中医药人才，遍布安徽省及国内外医药领域。学校与黄山、亳州、绩溪、舒城等市县人民政府签订全面合作协议，与河南宛西、江苏康缘、深圳三九等国内知名中医药企业签订战略合作协议，建有亳州济人药业等22个产学研合作基地，开展50多项技术服务，服务地方经济社会发展的能力不断提升。积极为政府在出台有关中医药发展规划和相关政策提供决策咨询，学校在国家中药现代化科技产业（安徽）基地建设中做出了积极贡献。第一附属医院作为全省最大的三级甲等综合性中医医院，多次派出医疗队奔赴四川灾区开展卫生援建工作；第二附属医院作为全国首家三级甲等针灸专科医院，积极支援基层中医院建设。中西医结合医院是国家第三批重点建设的中西医结合医院，神经病学研究所附属医院是一所国内外有影响的以“肝豆状核变性诊治”为优势的专科医院，国医堂是一所为广大患者以纯中医方式为主要医疗手段的医疗单位，其都成为开展社会服务的重要力量。
在53年的办学历程中，学校逐渐形成了以“至精至诚、惟是惟新”为校训的优良传统。目前，学校已发展成一所以中医药学科为主，相关学科协调发展，办学层次齐全，中医药特色鲜明的高等中医药院校。
“十二五”期间，学校将以邓小平理论、“三个代表”重要思想和科学发展观为指导，坚定中医信念，弘扬中医精神，秉承“至精至诚、惟是惟新”的理念，实施“质量立校、人才兴校、科技强校、特色弘校、文化塑校、和谐融校”的办学方略，围绕特色，强化优势，提升质量，着力培育“精诚是新”中医药人才，构筑安徽中医药协同创新高地，弘扬“北华佗南新安”中医药文化，引领安徽中医药事业产业发展，建成富有特色、卓有贡献、高水平有影响的安徽中医药大学，为建设美好安徽、服务人民大众健康做出更大贡献。

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