在校生共18000余人，其中研究生3100余人，留学生100余人。近5年来，学校共承担“863”、“973”计划、国家科技支撑计划和国家自然科学基金项目等323项。国家自然科学基金立项数近年来保持安徽省属高校领先地位。近年来获国家科技进步二等奖一项、高校自然科学技术奖高等学校科学研究优秀成果奖（科学技术）一等奖一项、中华医学科技奖一等奖三项、中华医学科技奖医学科普奖和卫生管理奖各1项。先后以责任作者单位在《新英格兰医学杂志》、《自然遗传学》等国际著名SCI刊物发表多篇高水平研究论文，在复杂疾病易感基因研究上居国内领先水平。张学军教授领衔完成的研究成果分别入选2010年度中国科学十大进展和2012年度中国高校十大科技进展。
学校成立了临床药理、皮肤病、卫生事业管理等65个省、校级研究所。编辑出版的国家级及面向全国发行的期刊有《安徽医科大学学报》、《中国药理学通报》、《临床与实验病理学杂志》、《中华疾病控制杂志》等15种。学校藏书86万余册，中外文印刷期刊及网络电子版期刊30余万册，为全国生物医学文献资源共享网络安徽省级中心馆。
安徽医科大学同德国、瑞典、美国、加拿大、日本、韩国以及台湾、香港地区的高等院校开展了密切的交流，双方互派专家学者、互派学生、相互交流信息资料、共同开展科研合作。

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