齐齐哈尔工程学院的前身，是成立于1958年的齐齐哈尔第一机床厂重型机床制造学院，文革前实施六年制（业余）本科和四年制(业余)专科教育，其间易名为齐齐哈尔第一机床厂“七·二一”工人大学、齐齐哈尔第一机床厂职工机电学院。
1993年，学校为支持国有企业公司化改造与企业签订经济分离合同，整建制地从公办转为民办，成为全国第一家国企学校与企业分离的典范，易名为黑龙江东亚大学。2001年，省政府批准在黑龙江东亚大学基础上成立齐齐哈尔职业学院，结束了齐齐哈尔市没有地方普通高校的历史。2011年4月，教育部批准齐齐哈尔职业学院升格更名为齐齐哈尔工程学院，学院属本科层次的普通高校。
齐齐哈尔工程学院现有南北两个校区，全日制在校生逾万人，专任教师361人,37.9%的专任教师具有副高级以上职称。学院常年从大中型企事业单位聘请中高级专业技术人员、管理专家担任兼职教师，现已形成一支专兼结合，结构比较合理的教师队伍。
学院现开设工学、管理学、文学、农学、法学5个学科门类的40多个专业，基本形成了以工学为主，管理学、文学、农学、法学为辅，以机械设计制造及自动化、汽车服务工程、土木工程等专业为特色，工、管、文、农、法等多学科协调发展的办学格局，下设机电工程系、交通工程系、信息工程系、建筑工程系、管理工程系、外语系共六个系。
学院积极探索“政校企合作、产学研一体”办学模式，坚持“开一个专业，办一个实体，建一个会（所），创一个品牌”的专业建设原则，依托专业创办了齐三机床有限公司、汽车教学中心（汽车博览中心）、家政教学中心（百草家园老年公寓）、机电设备有限公司、二手车交易市场、汽车驾驶员培训学校等21个专业实体，覆盖了学院所开设的40多个专业。
齐齐哈尔工程学院所创的学校“委托管理”模式已写入《国家教育中长期发展纲要》的第42条和第67条中；学院教育改革实践已成为了国家教育行政学院的教学案例。教师编著、出版了106本教材；获得省级以上优秀论文奖和优秀科技成果奖189次，在国家级、省级杂志上发表学术论文467篇，参与《<职教法>修订的实证研究》、《做强高等职业教育》等国家级重点课题研究，承担省级以上课题94项。
齐齐哈尔工程学院坚持以学生发展为主线开展教育教学活动，实施全程化职业生涯教育，是全国职业生涯教育典型院校。学院毕业生以其基础扎实、特长明显深受用人单位的欢迎，经黑龙江省教育厅核定,我院连续五年毕业生就业率位居全省同类院校前列。学院系教育部人才培养工作水平评估优秀学校、黑龙江省高校就业工作先进集体。
齐齐哈尔工程学院的发展业绩引起了国家、政府和社会各界的关注。成思危、周铁农、彭珮云等国家领导人曾莅临视察指导；人民日报、光明日报、中国教育报、香港“大公报”、新华社内参等媒体介绍了学院办学经验，我院干部队伍建设工作、毕业生就业工作、教育教学管理工作分别在全省高校相关会议上作了专题经验介绍。
