上海医药高等专科学校努力实践“秉学厚德，擎术济生”的校训，对接国家、上海卫生事业发展，建设具有上海品牌、国内示范、国际竞争力的一流卫生类高职院校，培养具有国际竞争力、高素质、技能型的医药高等职业技术人才。学校坚持“以服务为宗旨、以就业为导向”的办学理念，探索“工学结合”的相关医学类专业人才培养模式，扎实推进“校企（院）合作、产学一体化”的办学模式和发展道路。学校聚焦国际先进标杆，引入国际行业标准，加强教学内涵建设，形成了国际化合作办学特色。
2006年，上海医药高等专科学校整体搬迁至上海国际医学园区，新校区建设完成。同年，在上海市教委、交大医学院的关心指导下，全校师生共同奋斗，学校成功跻身本市惟一首批重点建设的国家示范性高职院校行列。经过十年励精图治的艰苦努力，特别是三年“国家示范性高等职业院校”的建设过程，学校的办学规模、质量、结构、效益协调发展，逐渐形成了工学结合、特色鲜明的专业结构体系、敬业爱岗的师资队伍、国家级和市级教学团队与教学名师的示范效应、环境与设施一流的实验实训中心、综合能力较强、职业素养较高的学生、良好的社会声誉与就业环境、成果显著的国际化办学特色等一系列优势条件。
2009年，上海医药高等专科学校取得了示范校项目验收和新一轮高职高专人才培养评估的“双丰收”，得到专家、领导的一致好评。这些来之不易的成果大大提升了学校的办学实力，为学校的进一步发展奠定了更为坚实的基础。全校上下以此为动力，继往开来，奋发有为，把学校建设成为汇聚产学结合、校企（院）联合、工学融合的医药高等职业技术人才培养高地。