肯主张和平解决苏丹内部冲突，曾先后十余次主持苏丹和谈。2001年5月，肯作为伊加特苏丹问题委员会主席国在肯主持苏丹和谈。2005年1月苏丹政府与南方反政府武装在肯尼亚内罗毕签署全面和平协议。7月，齐贝吉总统出席苏丹过渡宪法签署及苏丹新政府成立仪式。2006年7月，苏第一副总统、南方政府主席马亚尔迪特访肯。2007年5月和2009年5月，苏第一副总统兼南方政府主席基尔访肯。肯多次斡旋苏北南双方，支持苏丹南部公投独立结果。南苏丹独立建国后，积极调停南北苏丹冲突。

2013年底南苏丹冲突爆发后，肯即推动伊加特召开南苏丹问题特别峰会，肯雅塔总统两次亲赴南苏丹斡旋。