云对飞行的影响，大致有以下几个方面：
一、云中能见度小
云对飞行的影响，主要是使能见度恶劣。云滴的物态、大小、浓度、云的含水量都直接关系到云中能见恶劣的程度。
高云（云底高度大于5000米）通常由冰晶组成，它反射太阳光使飞行员感到刺眼，云中能见度一般为数百米。
中云（云底高度大于2500米，小于5000米）的含水量较大，云中飞行能见度为数十米。
低云（云底高度小于2500米）的含水量就更大了，所以云中能见度恶劣。
在中、低云运中云上飞行时，由于能见度很差，不能看清地标，影响目视地标飞行、航空摄影、空投、空中视察等任务的完成，甚至可能造成飞机迷航或其他飞行事故。
二、云中飞行有时遇到颠簸
由于云是上升气流、乱流和波动使湿空气冷却达到过饱和的产物，因此，当升降气流的水平范围与飞机的大小相近时，时大时小的垂直气流和水平气流冲击飞机引起飞机升力变化而造成颠簸。
有颠簸时，飞机的各部分结构都要经受忽大忽小的力，如果超过飞机的最大承受力，则飞机的某些部件可能变形甚至折毁。强烈的颠簸可使飞机在瞬间上升或下降数十米甚至数百米，并使飞机左右摇摆，使飞机上的仪表指示不准确，容易造成不良后果。
三、云中飞行容易产生积冰
如果机体表面温度低于零摄示度，云中的过冷水滴就会在飞机表面冻结并聚积起来，形成飞机积冰。飞机积冰后，影响飞机性能，给操纵飞机带来困难。
四、云中飞行容易产生飞行错觉
飞机在云中飞行时，因看不到天地线，容易将较亮的方向当作天顶，将较暗的方向当作地面，这样，在云的下部飞行时，就会误认为飞机在倒飞；当云中明暗不均匀或在云的边缘部分飞行时，会误认为飞机有俯仰或左右倾斜。飞行员如果处置不当，容易造成飞行事故。
五、低云会影响飞机着陆
低云是危及飞行安全的危险天气之一。在低云遮蔽机场的情况下着陆，如果飞机出云后离地面高度很低，且又未对准跑道，往往来不及修正，容易造成复飞。有时，由于指挥或操作不当，还可能造成飞机与地面障碍物相撞、失速的事故。