另外，使用生物工程技术也可以间接地提高农作物产量，这就是对农业副产品的开发利用。据联合国环境规划署报道，世界农业每年可提供17×108t秸秆。甘蔗榨糖后每年留下5000×104t蔗梢和6700×104t蔗渣。而利用微生物可以将这些废弃物转变为有用物质。比如，通过发酵可生产出蛋白质、糖类、核苷酸、脂肪、有机酸、醇类、维生素、酶制剂等，还可以生产食用菌、饲料、单细胞蛋白和沼气，同时也净化了环境。美国路易斯安那州立大学的专家们，通过生物工程获得了一株强有力的工程菌株——单细胞蛋白生产菌，100kg干的蔗渣可生产出26kg的干菌体。干菌体中含蛋白质量为50％，相当于100kg面粉中蛋白质的含量。